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이광형칼럼 되로 받고 말로 주는 "국제특허분쟁"
우리학교 이광형(바이오및뇌공학과) 교수가 동아일보 2008년 7월16일자에 "되로 받고 말로 주는 "국제특허분쟁""이라는 제목으로 칼럼을 기고했다.
제목 - 되로 받고 말로 주는 "국제특허분쟁"
신문 - 동아일보
일자 - 2008.07.16(수)
칼럼보기 http://www.donga.com/fbin/output?n=200807160069
2008.07.16
조회수 8439
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KAIST-GS칼텍스 공동, 바이오부탄올 생산균주개발
- 대사공학적으로 개량된 균주 개발로 효율적 생산가능
- 바이오부탄올은 에너지량이 높고 수송편의 등 장점 많아 차세새 연로로 각광
우리학교와 GS칼텍스(대표 허동수회장)가 공동연구를 통해 차세대 바이오연료로 각광받고 있는 ‘바이오부탄올’을 생산하는 새로운 균주를 개발하는데 성공했다.
이상엽(李相燁, 44세) KAIST 생명화학공학과 및 바이오융합연구소 특훈교수(생명과학기술대학장)와 GS칼텍스 공동연구팀은 폐목재, 볏짚, 잉여 사탕수수 등 비식용 바이오매스를 이용, 많은 양의 ‘바이오부탄올’을 선택적으로 생산 가능케 하는 대사공학적으로 개량된 균주개발에 성공했으며, 특허를 출원했다고 밝혔다.
이번 KAIST와 GS칼텍스가 공동으로 개발, 특허 출원한 기술은 바이오매스 발효과정에 사용되는 균주를 대사공학적으로 개량, 아세톤의 생산을 억제하고 부탄올과 에탄올만 6:1의 비율로 생산되도록 한 것으로, 아세톤을 부탄올로부터 분리할 필요가 없어 공정비용을 절감할 수 있는 장점을 가지고 있다. 클로스트리디움 박테리아를 사용하여 부탄올을 생산하는 전통적인 발효방식에서는 발효시 대사특성으로 인해 부탄올과 아세톤, 그리고 에탄올을 6:3:1의 비율로 생산되는데, 이 때 생산되는 아세톤은 연료로는 사용이 곤란하다는 단점이 있다.
‘바이오부탄올’은 탄소가 4개로 구성된 알코올로서 1리터당 에너지량이 7,323kcal로 현재 널리 사용되고 있는 바이오에탄올의 에너지량 5,592kcal보다 단위 부피당 에너지량이 30% 이상 높으며, 가솔린의 7,656kcal와도 큰 차이가 없다.
또한, 바이오에탄올은 철도나 바지선, 트럭 등으로 운송하여야 하나, ‘바이오부탄올’은 흡수성이 적어 상(相)이 분리되는 문제나 부식성의 문제가 없어 기존의 연료수송 파이프라인을 통해 수송할 수 있다는 장점 때문에 차세대 바이오연료로 각광받고 있으며, 전 세계적으로 많은 연구기관과 기업들의 개발 노력이 치열하게 전개되고 있다.
‘바이오부탄올’은 1900년대 초부터 미생물 발효를 이용하여 생산되기 시작했으나, 1950년대 석유화학산업이 급속히 발달함에 따라 사양길로 접어들었으며, 당밀 등 원료가격이 싼 남아프리카공화국 등지에서만 1980년대까지 발효 생산되다가 중단된 바 있다.
하지만, 최근 고유가시대가 고착화되면서 석유를 일정부분 대체할 수 있는 연료로 다시 부각되고 있다.
이상엽 교수팀과 GS칼텍스는 현재 바이오부탄올 연속 생산공정 등의 조업 최적화 연구를 수행 중이며, 부탄올에 대한 내성 향상 및 생산성을 한층 높이는 균주 개발 연구를 계속하고 있다.
GS칼텍스 중앙기술연구소 정광섭 소장은 “전 세계적으로 바이오부탄올 생산을 위한 개발 경쟁이 치열한 가운데 산학 공동연구를 통해 개량된 고성능 균주를 확보함으로써 차세대 바이오연료 개발에 유리한 고지를 차지할 수 있게 되었다.”고 이번 연구개발의 의미를 밝혔다.
<용어 설명>
- 바이오매스(Biomass)
바이오매스(biomass)는 에너지 전용의 작물과 나무, 농산품과 사료작물, 농작 폐기물과 찌꺼기, 임산 폐기물과 부스러기, 수초, 동물의 배설물, 도시 쓰레기, 그리고 여타의 폐기물에서 추출된 재생가능한 유기 물질 로 현재 에너지원으로 쓰이고 있는 목재, 식물, 농·임산 부산물, 도시 쓰레기와 산업 폐기물 내의 유기 성분 등을 일컫는다.
- 선택성(Selectivity)
촉매나 미생물의 성능을 나타낼 수 있는 인자로써 전체 생성물(Total Product) 중에 우리가 원하는 생성물(Target Product)의 비율로 계산함.
- 대사공학(Metabolic Engineering)
유전자 재조합기술과 관련 분자생물학 및 화학공학적 기술을 이용하여 미생물에 새로운 대사회로를 도입하거나 기존의 대사회로를 제거 증폭 변경시켜 세포나 균주의 대사특성을 우리가 원하는 방향으로 바꾸는 일 련의 기술을 뜻함.
- 균주
우리가 원하는 물질을 생산해 내는 미생물을 포괄적으로 뜻함.
- 에너지량
단위 질량의 연료를 연소하였을 때 발생하는 에너지
- 상(相): Phase
물리학·화학 용어로, 어떤 물질이 물리적·화학적으로 같은 성질을 나타 낼 때를 표현하는 것. 상은 기체상, 액체상, 고체상이 존재하고, 하나의 상으로 이루어지는 균일계와 2개 이상의 상으로 이루어지는 불균일계로 나뉜다.
2008.06.03
조회수 17441
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정재승칼럼 특허보다 사람이 중요하다
동아일보 객원논설위원으로 활동중인 정재승(바이오 및 뇌공학과) 교수가 동아일보 2008년 4월9일자에 특허보다 사람이 중요하다"라는 제목으로 칼럼을 기고했다.
제목 - [동아광장] 특허보다 사람이 중요하다
저자 - 정재승 바이오 및 뇌공학과 교수
매체 - 동아일보
일자 - 2008.04.09(수)
칼럼보기 http://www.donga.com/fbin/output?n=200804090071
2008.04.09
조회수 8994
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KAIST, 연구계약 및 특허정책 개혁
- 연구 결과물에 대한 합리적인 지식재산권 기준 적용 - 국내 대학, 기업간 연구 풍토 개선하는 계기 마련- 선행 연구 합리적 보상, 후속 연구 활동 걸림돌 제거우리 학교는 올 3월부터 기업과 연구계약 시 선진대학 수준의 새로운 지식재산권 기준을 적용키로 했다.
국내 대학과 기업의 연구 계약은 주로 기업이 요구하는 조건으로 체결되어 왔다. 국내 기업은 연구비를 연구 대가로 인식, 결과물에 대한 기업 소유권과 연구관련 선행기술에 대한 무상 활용을 주장하고 있다. 기업이 연구결과에 대한 특허권을 소유하게 되면 선행 연구에 대한 권리도 침해되고 후속연구 결과도 기업에 종속되어 대학의 연구 활동이 위축된다. 이런 계약 형태는 대학의 기술이 기업에 종속될 수 밖에 없는 구조다.
우리 학교는 연구비를 연구결과물을 도출하기 위한 비용 개념으로 인식하고 지식재산권에 대한 새로운 기준을 마련, 기업과 연구계약에 적용키로 했다. 이번에 시행되는 세부 기준은 ▲연구결과에 대한 지식재산권은 KAIST가 단독 소유, 기업에는 라이센싱 옵션권 부여 ▲라이센싱 옵션권으로 전용 또는 통상실시권을 선택시 특허의 출원, 등록, 유지 비용은 기업이 부담 ▲공동소유 특허에 대해서는 기업, KAIST가 상호 승인없이 제3자에게 실시권 부여 가능 ▲전용실시권은 유상으로 독점적 권한을 가지며 제3자에게 실시권 부여 가능 ▲통상실시권은 무상으로 비독점적 권한을 가지며 제3자에게 실시권 부여 불가능 ▲연구수행 이전에 KAIST가 개발하고 보유한 선행 특허를 기업이 사용할 경우 별도 기술실시계약 체결 ▲시작품은 기업이 소유하되, 기자재와 연구시설은 KAIST가 소유한다 등이다. 이번에 실시하는 새로운 기준은 연구 결과물에 대한 지식재산권을 합리적으로 개선하여 대학과 기업이 상생할 수 있는 연구 환경을 마련하기 위함이다.
박선원(朴善遠) 산학협력단장은 “연구 결과물에 대한 사용권은 당연히 기업에 있으나 그 결과물 사용에 대한 대가 지급은 필수다. 또한 연구결과는 선행연구가 없이는 불가능하다. 선행연구에 대한 적절한 보상과 우수한 연구결과를 도출한 연구자에게 최소한의 혜택이 돌아갈 수 있도록 제도적인 장치가 필요하다”며 “지난해 10월 세계적 IT 기업인 M사가 작성해온 연구계약서를 보면 공동연구에서 연구비는 기업이 부담하고 연구 결과 발생한 지식재산권은 KAIST가 소유하는 조건이었다. 또한 특허권을 확보하는데 소요되는 비용은 기업이 부담하고 기업은 실시권만 가지며, 독점적 실시권의 사용시에는 로얄티에 대한 별도 계약을 체결한다는 내용이 명시되어 있었다. 현재 국내 기업들과의 연구 계약 조건과는 큰 차이가 있다”라고 말했다.
우리 학교는 1973년부터 기업과 연구 계약을 시작했고, 1974년 처음 특허출원을 했다. 지난해 기업과 연구계약은 292건, 계약 1건당 평균 연구비는 7천만원으로 해가 거듭될수록 계약 건당 연구비도 늘어나는 추세다.
반면, 연구결과로 발생되는 지식재산권에 대해서는 기업이 일방적으로 권리를 취하고 있다. 이런 연구계약 풍토에 대해 수년전부터 이의를 제기해 왔으나, 연구결과물인 특허권은 극히 일부만 학교 단독권리 또는 공동권리로 되고 대부분은 기업 권리로 계약되고 있다.
2008.02.13
조회수 14049
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최성민 교수팀의 탄소나노튜브에 대한 연구성과 미국 화학학회의 Research Highlight 로 선정
최성민 교수팀의 탄소나노튜브에 대한 연구성과
미국 화학학회의 Research Highlight 로 선정
KAIST 원자력 및 양자공학과 최성민 교수팀은 탄소나노튜브의 산업적 응용에 필수적인 수용액 및 유기용매에의 안정적인 분산기술을 개발하였으며, 중성자 산란기법을 이용하여 그 분산특성을 규명하였다. 이 연구결과는 재료과학 분야 최고권위지인 Advanced Materials (19, 929, 2007)에 게제되었으며, 미국 화학학회의 Research Highlight로 선정되어 ‘Heart Cut" 5월 7일자에 소개되었다.
탄소나노튜브의 산업기술적 응용을 위한 다양한 프로세싱을 위해서는 탄소나노튜브를 수용액 또는 유기용매에 분산할 필요가 있다. 이를 위하여 그간 계면활성분자, DNA 등을 이용한 탄소나노튜브 분산기술이 사용되어 왔으나, 건조 등 프로세싱 과정에서 분산이 쉽게 파괴되는 단점이 있었다. 최성민 교수팀은 이를 극복하기 위하여 계면활성분자를 이용한 탄소나노튜브 수용액 분산을 얻은 후 탄소나노튜브 표면에 흡착된 계면활성분자를 in-situ 상태에서 중합반응시킴으로써 친수성의 안정된 표면 분자막을 갖는 탄소나노튜브를 개발하였다. 이렇게 얻어진 기능성 탄소나노튜브는 냉동건조 등 프로세싱 이후에도 수용액 및 유기용매에 아주 쉽게 분산되는 특성을 갖고 있어 탄소나노튜브 응용기술 개발에 크게 기여할 것으로 기대된다. 과학기술부 원자력연구개발사업의 지원으로 수행된 이 연구에는 박사과정 김태환씨와 도창우씨가 중추적으로 참여하였으며, 관련기술을 특허출원 하였다.
탄소나노튜브의 수용액 분산 및 흡착된 계면활성분자의 in-situ 중합과정과 냉동건조 후의 수용액 재분산 특성 비교 (사진: 중합하지 않은 탄소나노튜브(좌), 계면활성분자를 중합한 탄소나노튜브(우))
2007.05.09
조회수 20036
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시스템 생명공학 활용, 최고 수율의 아미노산 생산 균주 개발
- 세계 아미노산 시장, 화이트 바이오텍 제품 생산에 파급 효과 큰 원천 기술
- KAIST 이상엽 교수팀 개발, 미국 국립과학원회보 온라인판 게재KAIST(총장 서남표) 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 43세, 특훈교수/LG화학 석좌교수) 교수팀은 시스템 생명공학 기법을 이용, 세계 최고 수율(收率)의 발린(L-valine) 생산 균주 개발에 성공했다. 이 연구 결과는 4월 넷째주(23일-27일사이) 미국 국립과학원회보(PNAS, Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA)에 게재된다.
李 교수팀은 필수 아미노산의 하나인 발린(L-valine)을 타켓 물질로 선정, 미생물 가상세포 시스템과 시뮬레이션 기법을 활용하여 최고 수율의 아미노산 생산 균주를 개발했다.
대장균 게놈에서 필요한 부위만을 선택적으로 조작하여 초기 생산 균주를 제작하고, DNA 칩을 이용한 전사체(transcriptome) 분석을 통해 새롭게 조작할 1차 타겟 유전자들을 발굴했다. 대장균 가상 세포인 MBEL979를 이용, 유전자 결실(缺失) 실험을 컴퓨터상에서 대량으로 수행한 뒤 2차 엔지니어링 타겟들을 발굴했다. 이 실험 결과를 실제 균주 개발에 적용, 세포내 대사흐름 최적화를 달성하여 최종적으로 100 그램의 포도당으로부터 37.8 그램의 발린을 추출할 수 있는 세계 최고 수율의 발린 생산균주 제작에 성공했다.
이상엽 교수는 “시스템 생명공학 기법이 체계적인 시스템 수준에서 균주개발에 성공적으로 이용됨에 따라, 기타 아미노산을 비롯하여 모든 생물공학산업 발전에 크게 기여할 것으로 기대된다. 초기에는 IT와 BT를 융합함에 있어 어려움이 많았으나 이를 슬기롭게 극복한 연구팀원들이 자랑스럽다.”고 말했다. 연구 관련 생산균주와 그 제조 방법은 국제특허(PCT)를 출원했다.
2007.04.24
조회수 19802
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성풍현 교수, 미국원자력학회 인간요소분과 회장에 선출
KAIST(총장 로버트 러플린) 원자력 및 양자공학과 성풍현(成豊鉉, 50)교수가 최근 미국 리노에서 개최된 미국원자력학회 연차대회에서 미국원자력학회(The American Nuclear Society) 인간요소분과(Human Factor Division) 회장(임기 1년)에 선출됐다.
미국원자력학회는 1954년 원자력 관련분야 전문가들에 의해 설립된 비영리, 국제 과학 및 교육단체이다. 인간요소분과는 미국원자력학회 18개 분과 중 하나로 전 세계 원자력분야 전문가 550여명이 회원으로 있다.
이 분과는 원자력 시스템에서 인간과 관련된 분야를 전담한다. 특히, 원자력 시스템의 계측 제어 계통 설계 분석과 주 제어실 인간 운전원의 작업 행태, 과실 등에 관련된 부분이 주 연구 분야다.
成 교수는 이 분야에서 뛰어난 학술연구업적과 활발한 국제 활동을 바탕으로 회장에 선출됐다.
2006.06.16
조회수 13010
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KAIST-연세의대, 유니버설(범용) 암 진단시스템 개발
KAIST 이상엽, 연세 의대 유내춘, 금기창, 유원민 교수팀, 신규 범용 암 진단 마커인“네오노보” 개발
연세의대 임상 진행 중, 암 진단 시스템 상용화 박차
■ 위암, 간암, 유방암, 췌장암, 신장암, 전립선암, 대장암 등 대부분의 암을 진단할 수 있는 인체 내 싸이토카인 변이체 네오노보(NeoNovo) 발견
■ 네오노보 RNA와 DNA를 이용하여 암을 신속하게 동정할 수 있는 진단 기술과 유니버설(범용) 암 진단 DNA 칩 개발
■ 네오노보 단백질을 대장균을 이용, 고효율로 생산하는 시스템 개발
■ 개발된 네오노보 진단 시스템은 특정 암에만 한정되어 있지 않고, 다양한 종류의 암을 진단할 수 있는 세계에서 유일한 마커(marker)로서 향후 암 진단 및 예후에 있어 획기적인 기술로 평가
■ 연세대 의대 세브란스병원은 임상연구심의위원회(IRB)를 개최, 2005년 12월 16일 네오노보 암 진단 임상연구 허가를 내렸으며, 현재 300건의 임상시험 실시 중
■ 현재 유니버설 암 진단 DNA 칩, 단백질 칩, 진단 키트, 암 치료제 및 암 예방제 등 다양한 형태의 제품으로 연구개발 중이며, 국내외 암 연구 전문가 그룹과의 공동연구도 추진 예정
■ 바이오벤처기업 메디제네스(주)의 지원으로 이루어진 이번 연구결과는 국내에 특허가 등록되었으며, 전 세계 특허 출원 중
1. 연구개발 과정 및 결과
? 전 세계적으로 생명공학에 대한 관심이 급증하고 있으며 이러한 관심으로부터 암을 생명공학적인 관점에서 보다 효율적으로 진단 및 치료하는 시스템을 개발하고자 하는 노력이 경주되고 있다. KAIST 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 42, LG화학 석좌교수) 교수가 연세대학교 의과대학 유내춘 교수(柳來春, 42), 금기창 교수(琴基昌, 42), 유원민 교수(柳元敏, 42)연구팀과 함께 위암, 간암, 유방암, 췌장암, 신장암, 전립선암, 대장암 등 10여종의 암을 효율적으로 진단 할 수 있는 새로운 마커(marker)인 싸이토카인(cytokine) 변이체 네오노보(NeoNovo)의 임상 시험 허가를 받아 진행 중이라고 밝혔다. 이 결과는 현재 세포학적 조직검사 등의 기존 검사법의 시간, 비용적인 단점을 해결할 수 있을 뿐만 아니라 이제까지 알려진 암 진단 마커들과는 달리 유일하게 10여종의 암을 모두 진단할 수 있는 우수성을 가지고 있는 것으로 향후 암 진단 시장을 획기적으로 바꾸어 놓을 수 있는 기술로 평가되고 있다.
? 현재 임상시험이 진행 중인 네오노보의 핵심기술은 이제까지 개발된 암 진단 마커들과는 달리 유니버설하게(범용으로) 암을 진단할 수 있는 인체 싸이토카인 변이체의 발견과 그 특허권 확보에 있다. KAIST와 연세의대 공동연구팀은 인체 싸이토카인의 변이체인 네오노보 RNA가 암 세포에서만 특이적으로 발현되는 것을 발견했다. 특히, 뇌암을 제외한 이제까지 시험한 모든 암 세포나 암 조직에서 네오노보가 발견됨으로써 이를 이용하여 진단 시스템을 개발하게 되었다. 연구팀은 네오노보가 인체내에 자연적으로 존재하는 싸이토카인이 선택적 스플라이싱(alternative splicing)과정을 통해 암세포에서만 특이적으로 나타남을 알아냈다. 바이오벤처기업 메디제네스의 지원으로 이루어진 본 연구는 현재 인체에 생기는 10여종의 암을 신속하게 동정할 수 있는 진단 특허권 확보에 주력한 결과 국내에는 변이체 단백질 네오노보의 원천특허가 등록되었으며, 해외 특허가 출원 중이다. 또한, 진단 제품 뿐 아니라 암 치료제 및 암 예방 및 억제제 등의 다양한 용도로 사용될 수 있을 것으로 보고 단백질의 응용에 관한 추가 특허가 출원 중이라고 KAIST 측은 밝혔다. 현재 암 진단시스템은 연세의대 금기창 교수의 주도로 임상시험이 진행 중이다.
? 연구진의 현재까지의 연구결과에 의하면, 네오노보는 암세포에서만 발견되고 정상세포에서는 발견되지 않았는데, 이는 기존의 암 마커가 정상세포나 정상인에도 있으나 암세포나 암환자에서 차이가 나는 것을 기반으로 하는 것과는 근본적으로 큰 차별성이 있다.
? 암이란 “통제할 수 없는 세포 성장”으로 특징지어지는 100개 이상의 관련 질환의 그룹을 기술하는데 사용되는 일반적인 용어이다. 이러한 비정상적인 세포 성장은 보통 종양(tumor)으로 알려진 세포 덩어리로 발전하고 주위의 조직으로 침투하고, 이어서 신체 다른 부위로 전이되어 생명을 위협하고 있는 질병중 하나로 4명중 1명 이상의 사람들은 그들의 생애 중에 어떤 형태로든 암을 가지게 된다고 알려져 있으며, 선진국에서 전체사망원인의 21%(사망원인 제 2 위)를 차지하고 있다. 일반적으로 말기상태의 암은 치료가 거의 불가능한 반면 초기 상태의 암은 치료율이 훨씬 높아서 초기에 정확하고 신속한 진단방법의 개발이 절실히 요구되고 있는 상황이다. 이제까지 여러 종류의 암 진단 마커가 발견되고 일부 사용되고 있지만, 1-3 종류의 암만을 진단할 수 있으며 그 정확도도 높지가 않은 편이다. 반면, 이번에 KAIST-연세의대 공동 연구팀이 개발한 네오노보 암 진단 시스템은 독자적으로 개발한 암 특이 단백질과 RNA 및 cDNA, 그리고 이들의 응용까지에 대한 포괄적인 원천 특허권을 확보한 상태에서 세계적으로 유일하게 간암, 위암, 유방암, 폐암 뿐만 아니라 기타 10종 이상의 암에서도 70%-100%의 높은 효율로 진단할 수 있는 마커라는 점에서 향후 세계 보건의료 및 생명공학 시장에 큰 파장을 불러올 것으로 예상된다.
? 또한, KAIST 이상엽 교수팀은 네오노보 재조합단백질을 봉입체 형태로 과량 생산하는 대장균 시스템을 이용하여 암 특이 단백질을 대량 생산하는데 성공하였다. 대량 생산된 네오노보 단백질을 이용하여 조직염색, 면역학적 기술에 접목시켜 보다 편리한 진단 시스템에 응용하는 연구를 진행 중이다. 한걸음 더 나아가, 생산된 암 특이 단백질의 세포 내의 기능에 대한 연구를 진행하고 있다.
2. 연구개발성과 및 향후계획
?휴먼 게놈 프로젝트가 완료된 것을 비롯하여, 최근 여러 생물 종에 대한 게놈 정보가 쏟아져 나오고 있다. 암에 대한 연구 또한 기존의 유전자 돌연변이에 대한 연구를 벗어나 암 특이 발현 유전자 및 단백질에 대한 연구가 많이 시도 되고 있다. 이번에 개발된 진단 시스템 또한 암에서만 특이 발현되는 단백질과 그 유전자를 기반으로 개발된 획기적인 시스템이다. 이 진단 시스템을 이용하면, 단 2가지의 유전정보 및 단백질 발현 형태만으로도 암의 여부를 일시에 검색할 수 있고, 정확도도 70% 이상이다. 체외 진단 시장은 연간 25조원 이상이며, 지속적으로 팽창하고 있다. 이중 특히 암 진단 시장은 고속으로 증가할 것으로 예측되고 있으므로 본 기술의 파급효과는 엄청날 것으로 기대 된다.
? 임상시험을 주도하고 있는 연세의대 방사선 종양학과 금기창 교수는 “이미 암 세포주를 이용한 기초 실험 결과는 놀라울 정도로 진단 효율과 성공률이 높게 나온 상황이고, 지금까지의 임상 시험도 잘 진행 중이므로, 최종 임상결과에 큰 기대를 가지고 있다”라고 말하고, “향후 메디제네스와 함께 범용 암 진단 시스템 개발은 물론, 관련 암 치료 및 암 예방 의약의 개발로도 연구를 할 예정이다”라고 밝혔다.
? KAIST 이상엽 교수는 “원천 특허권 확보가 이루어진 지금 유니버설 암 진단 시스템의 상용화의 추진은 물론, 국내외 암 전문 연구기관과 공동으로 연구를 추진하여 인류 건강의 가장 큰 위협 요인인 암을 예방, 치료하는데 기여하고 싶다”는 포부를 밝혔다.
네오노보의 RNA 발현 여부를 검색함으로써 암세포와 정상세포를 명확하게 구별해내는 네오노보 유니버설 암진단 DNA칩 실험 결과. 초록색 형광 점은 각각 특정 서열을 가지는 DNA 조각으로서 정상세포에서 나타나는 RNA와 암세포에서 나타나는 네오노보 RNA를 특이적으로 진단할 수 있도록 디자인된 것이다.
분자량 마커 생산된 네오노보 단백질
재조합 대장균을 이용하여 생산하고 정제된 네오노보 단백질. 네오노보 RNA로부터 DNA를 합성하여 대장균에 도입하고, 재조합대장균을 키워서 네오노보를 다량 생산한 뒤, 크로마토그래피 (chromatography)를 통해 순수하게 정제된 재조합 네오노보 단백질.
생물정보학 기법으로 예측한 네오노보 단백질의 구조
2006.03.28
조회수 17166
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생명화학공학과 이상엽 교수, 획기적인 단백체 분석 기술 개발
과학기술부 시스템생물학 연구개발사업 결실
열충격 단백질이 세포외에서 단백질 분해를 효과적으로 억제하는 현상 최초 규명
기존 단백질 분해 저해제보다 최고 50% 이상 단백질 검출 가능 기술 개발
전세계 특허 출원/등록 중, 단백체 연구분야 권위지 미국화학회 발간 저널 오브 프로테옴 리서치에 게재 예정, 온라인판에 공개
생명화학공학과 이상엽 교수(李相燁, 41, LG화학 석좌교수)가 작은 열충격 단백질의 세포외 단백질 분해 저해 기능을 적용하여 획기적으로 향상된 새로운 단백체 분석 기술을 개발했다.
1. 개발배경
포스트 게놈 시대의 가장 주목 받는 연구 분야로서, 또한 시스템 생물학의 중심이 되는 한 분야로서, 세포의 생리적 변화를 단백질 수준에서 관찰할 수 있는 단백체(프로테옴) 연구에 대한 관심이 집중되고 있다. 단백체 연구의 가장 핵심적인 기술은 세포, 조직, 또는 생물체 유래 샘플을 폴리아크릴아마이드젤(polyacrylamide gel) 상에서 2차원 전기영동방법으로 분리하는 것이다. 이때 전체 단백질들을 분석할 수 있도록 단백질 분해를 막는 것이 매우 중요하다.
이제까지 다양한 단백질 분해 저해제들이 개발되어 실험에 사용되어 왔다. 하지만, 단백체 분석시 2차원 전기영동된 젤(gel)에서는 단백질 분해 등의 현상으로 인해 게놈에서 예측되는 숫자보다 훨씬 적은 수의 단백질들이 발견되어 전체 단백질 대상 연구에 한계를 드러냈다.
2. 개발현황
과학기술부 시스템생물학 연구개발사업으로 진행된 이 연구에서 李 교수팀은 대장균의 전체 전사체와 단백체를 분석하고, 이들을 대사 및 조절회로에 연관시키는 과정에서 작은 열충격 단백질의 새로운 기능을 발견하게 되었다.
직접 대장균에서 작은 열충격 단백질을 생산ㆍ정제하고, 이를 이용한 세포 밖 시험관 (in vitro)에서 작은 열충격 단백질이 다양한 효소에 의한 단백질 분해를 효율적으로 억제함을 규명하였다.
또한, 다른 종에서 유래한 작은 열충격 단백질들도 마찬가지로 단백질 분해를 억제하는데 사용될 수 있음도 밝혀냈다.
李 교수팀은 단백체 연구의 핵심기술 중의 하나인 2차원 전기영동시 단백질이 분해되어 변형되거나 없어지는 문제를 해결하고자 이 발견된 기술을 적용하였다. 2차원 전기영동시 작은 열충격 단백질 첨가로 단백질 분해 현상을 저해시킬 수 있음을 밝혀내었다.
기존에 알려진 단백질 분해 저해제를 적용하였을 때는 검출 되지 않았던 단백질들도 이 새로운 방법을 이용하였을 때 검출 가능하였다. 최고 50% 이상 증가된 숫자의 단백질들이 보일 정도로 획기적인 기술로 평가된다.
또한, 이 방법을 미생물뿐 아니라 사람, 식물 유래의 다양한 단백질 시료에도 적용하여 모든 경우에서 그 효과를 확인함으로써, 이 기술이 매우 광범위한 단백질 시료에 적용 가능함을 보여 주었다.
3. 개발성과 및 향후계획
기존의 방법으로 검출 되지 않았던 단백질들이 새로 개발된 방법으로 검출 가능하므로 단백체를 이용한 세포내 생리 변화 관찰 또는 질병 진단 표지 개발 등에 상당한 고성능의 분해능을 제공해 줄 수 있다. 李 교수는 “모든 단백체 분석에 적용이 가능한 이 기술이 향후 단백체 연구 분야에 획기적인 발전을 가져올 것으로 기대한다”고 말했다.
이 기술은 현재 전 세계 특허 출원/등록 중이고, 미국화학회 (American Chemical Society)에서 발간하는 단백체 분야의 권위 있는 학술지인 저널 오브 프로테옴 리서치 (Journal of Proteome Research)에 실리게 되며, 온라인 판에 게재 되었다.
<사진설명>
작은 열충격 단백질 첨가에 의한 단백질 분해를 최소화시켜 분석가능한 단백질 수를 획기적으로 늘린 결과를 보여주는 젤(gel) 사진 (왼쪽 위부터 시계방향으로)
1. 대장균 단백질 시료에 기존에 시판되는 단백질 분해억제제인 칵테일 인히비터를 첨가하여 2차원 전기영동한 젤
2. 같은 시료에 IbpAEc (대장균 유래의 작은 열충격 단백질)를 첨가하여 2차원 전기영동한 젤
3. 같은 시료에 Hsp26Sc (효모 유래의 작은 열충격 단백질)를 첨가하여 2차원 전기영동한 젤
4. 같은 시료에 IbpBEc (대장균 유래의 또 다른 작은 열충격 단백질)를 첨가하여 2차원 전기영동한 젤
- 각 그림의 원 안은 확대된 이미지로서 작은 열충격 단백질 첨가시 까만점(단백질)의 수가 획기적으로 늘어났음을 볼 수 있음.
2005.11.11
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KAIST 출신 MIT생, 핫소폴로스상 첫 수상
특허 가능한 혁신 및 논문상 핫소폴로스 $50,000 첫 수혜
KAIST 항공우주공학과(지도교수: 김천곤) 학사 출신, 주철민(29)씨가 핫소폴로스 $50,000 혁신 및 논문상 첫 수상자로 선정됐다.
핫소폴로스상은 조지 핫소폴로스(George Hatsopoulos)에 의해 설립된 써모 일렉트론사(Thermo Electron Corp.)의 후원으로 특허 가능한 발명 혹은 독창적인 연구 활동을 표창하기 위해 제정된 상이다.
MIT 기계공학과 박사과정에 재학중인 주씨는 “고감도 선택적 생물?화학 생물체 검출을 위한 광학 간섭성 반사측정(Spectral Domain Optical Coherence Reflectometry for Highly Sensitive and Selective Detection of Biological and Chemical Species)” 논문으로 이 상을 받았다.
MIT 종합병원 소속이며 하바드 의과대학의 조교수인 요하네스 드 보어(Johannes de Boer) 교수와 MIT 기계공학과 피터 소(Peter So) 교수와 공동으로 수행한 이 연구는 살충제나 박테리아 및 유기 독소 등의 초저밀도 분자에 대한 실시간 검출을 가능케 하는 광섬유 기반 저간섭성 간섭계의 발전을 이끌어 냈다는 평을 듣고 있다.
2005.07.28
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KAIST출신 토종박사, 하바드의대 교수 임용
국제학술저널 및 학회에 1백여 편의 논문 발표, 미국특허 30여건 출원
광기술 개발과 응용연구를 통해 생물, 의학, 광학 발전에 기여 포부
KAIST 시절 습득한 창의적 사고력, 성실한 연구자세가 큰 자산
KAIST 출신 순수 한국토종박사가 최근 美國 하바드대 의대 교수로 임용되었다.
화제의 주인공은 KAIST 물리학과(지도교수 : 김병윤)를 졸업한 윤석현(尹錫賢, 35) 박사.
尹 박사는 이번 하바드 의대 교수 선발과정에서 초빙공고를 보고 모여든 100여명의 하바드, MIT, 스탠포드 출신들과의 치열한 경쟁을 거쳐 조교수로 임용되었으며, 메사추세츠 종합병원(MGH)의 웰맨(Wellman)센터 조교수로도 동시에 임용되었다.
* 웰맨(Wellman)센터 : 현재 하버드 의대 소속인 20명의 교수진과 100여명의 의학, 이학, 공학 박사후 연구원, 대학원 학생으로 구성되어 있으며, 광기술을 이용한 진단과 치료, 기초 의학 및 생물 연구분야에서 세계적으로 널리 알려져 있는 기관이다.
충남 공주 출신으로 대전과학고를 2년 수료한 尹 박사는 1987년 KAIST 학사과정 전기전산학부에 수석으로 입학했다. 1년 후에 물리학과로 전과했으며, KAIST에서 물리학 전공으로 학사(91), 석사(93), 박사(97)를 마쳤다. 박사학위 논문은 “광섬유 음향광학소자와 레이저(All-fiber acousto-optic devices and fiber lasers)”이다.
지난 2000년에는 미국 캘리포니아 산호세 소재의 벤처회사인 노베라 옵틱스(주)의 창립멤버와 엔지니어링 매니저를 3년간 역임하면서 본인의 박사과정 연구결과인 광통신 소자를 상품화하여 미국 유수의 투자기관으로부터 6천7백만 달러를 유치한 바도 있다.
尹 박사의 주요 연구분야는 △바이오광학 △광영상 및 첨단 생체현미경 기술개발과 임상, 생물과학 응용 △심장혈관 질환 및 암 조기진단용 광영상 장비 임상시험 △광섬유, 광통신, 레이저, 광소자 등인데, 관련 연구논문을 국제학술지와 학회에 이미 100여 편이나 발표했으며, 미국특허도 30여건이나 출원한 상태다.
광기술 개발과 응용연구를 통해 생물, 의학 및 광학 발전에 기여하는 것이 연구목표라고 밝힌 尹 박사는 “KAIST 시절 습득한 창의적 사고력, 성실한 연구자세는 언제나 소중한 자산이 되고 있다”며, “KAIST 학생들이 세계적인 인재로 성장할 잠재력은 충분하다. 좀 더 논리적인 사고와 발표력, 경험, 도전의식 등을 갖춘다면 MIT, 하버드 등 세계 어떤 학생들과도 겨뤄도 충분히 경쟁력이 있다고 생각한다”고 소감을 밝혔다.
한편, 이번 尹 박사의 하바드 의대 교수임용으로, KAIST 출신 토종박사의 외국 유명대 교수 임용이 알려진 것만으로도 벌써 8번째가 된다. 이공계 기피현상이 심각한 국내 상황에서 KAIST 출신 박사들의 국제무대 활약상이 빛을 발하고 있다.
2005.07.05
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인체 감염 44종의 원인균 동시 진단용 DNA 칩 개발
KAIST, 연세대 의대, 메디제네스㈜ 공동연구 결실벤처회사와 공과대학이 DNA칩 제작, 의대에서 임상실험하는 바람직한 협력연구의 성과로 평가
사람의 생명을 위협하는 감염질환의 원인균 44종을 동시에 진단할 수 있는 DNA 칩이 국내 공동연구진에 의해 세계 최초로 개발되었다. 메디제네스 ㈜ (대표이사 이진, 李津, 39)는 KAIST 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 41, LG화학 석좌교수)교수팀, 연세대 의대 감염내과 김준명(金俊明, 52) 교수팀(김준명, 장경희, 최준용 박사)과의 공동연구를 통해 감염질환에 자주 나타나는 주요 원인 균주 44종을 신속하게 동정(실체를 밝히는 것)할 수 있는 DNA칩을 개발했다고 9일 밝혔다.
감염질환은 세균이 인체의 내외부에 침입하여 혈액, 체액 및 조직 내에서 자라면서 발병하는 질환으로, 세균의 정확한 진단 및 적절한 치료가 이루어지지 않을 경우, 생명을 잃을 수도 있는 질병이다. 더욱이 최근에는 항생제의 오남용으로 인해 세균의 배양률이 크게 낮아 배양 검사와 같은 기존의 감염질환 진단 방법들이 한계에 부딪치고 있어 항생제의 추가적인 남용 및 검사비용의 낭비 등을 야기할 뿐만 아니라, 적합한 항생제의 투여시기를 놓쳐 환자의 생명이 위협받고 있다.
이번에 메디제네스㈜ 가 개발한 감염질환 진단용 DNA칩은 임상적으로 가장 빈번하게 출현하여 심각한 질병을 일으키는 원인균 44종을 동시에 진단할 수 있다는 특징이 있다. 메디제네스㈜는 KAIST 이상엽 교수팀, 연세대 의대 김준명 교수팀과 공동으로 감염 균주들의 균체 특이성이 높은 DNA조각을 직접 염기서열을 결정하여 특허 출원하였고, 일부 알려진 균들에 대하여는 생물정보학 기법으로 특이한 염기서열 부분을 찾아내는 방식으로 DNA 칩을 제작 하였다. 이 DNA칩은 작은 유리판에 감염질환을 일으키는 균주의 특정 DNA 염기서열과 결합할 수 있는 DNA 조각을 심은 것으로, 균주에서 추출한 DNA와 칩에 심어진 DNA가 칩의 어느 위치에서 결합하는지에 따라 원인균을 쉽게 동정할 수 있도록 설계되어 있다.
이상엽 교수는 “이 DNA 칩의 핵심기술은 우리가 자체적으로 염기서열을 밝혀서 그 서열에 관한 특허를 확보하였고, 이들로 만든 DNA 조각을 이용하여 매우 효과적으로 감염균주들을 감별해 내는데 있다. 칩 자체의 제작도 중요하지만, 임상 시험이 매우 중요한데, 공과대학과 벤처회사가 DNA 칩을 만들고, 의과대학에서 임상시험을 하는 아주 바람직한 형태의 협력연구가 결실을 맺게 되어 기쁘다.”고 밝혔다.
따라서 이번에 개발된 DNA 칩을 이용하면 환자로부터 얻은 다양한 임상 샘플내에 어떤 세균이 존재하는지를 한번의 검사로 빠른 시간내에 정확하게 진단함으로써 가장 적합한 항생제를 투여할 수 있게 된다. 기존 검사법은 균주를 일일이 배양해서 확인했기 때문에 보통 3일 이상 심지어는 몇 주 이상 소요되고 배양률도 50% 이하인데 비해, 이 칩은 14시간 정도면 여러 균주를 동시에 검색할 수 있고, 정확도도 더 높일 수 있는 장점이 있다. 이 관련 기술들은 현재 특허 출원 중이고, 예비임상시험을 마친 후, 대규모 임상시험을 연세대학교 의과대학 김준명 교수팀에서 진행 중이다. 김준명교수는 “최근에 항생제 오남용으로 감염질환의 원인균 동정에 큰 어려움을 겪고 있는 현 실정에서 이러한 DNA칩을 통한 진단법 개발은 임상에서 빠른 시간 안에 원인균을 밝혀내고, 그로 인해 환자에게 꼭 필요한 항생제를 조기에 투여함으로써 환자의 생명을 구하는 획기적인 전기가 되리라 생각한다”고 말했다.
이 감염질환 진단용 DNA칩을 이용함으로써 감염질환 치료를 위해 과다하게 소요되는 항생제 비용을 대폭 절감(연간 약 5천억원)할 수 있을 뿐만 아니라, 보통 한 환자당 2-3번의 원인균 배양이 이루어지는 기존의 검사방법에서 탈피하여 한 번의 검사로 진단이 가능함으로써 감염질환 관련 검사 비용 연간 수백억원이 절감될 수 있을 것으로 예상된다. 메디제네스㈜ 이진사장은 “앞으로 추가 임상 시험 후 식품의약품안전청의 허가를 받은 후 내년에는 국내 각 병원과 연구소에 판매할 계획이며, 이 칩의 판매로 국내에서만 내년에 30억원, 향후 연간 100억원 이상의 매출을 올리고자 하며, 연간 약 2조원으로 추정되는 세계 시장 개척에도 적극적으로 대처하고자 한다.”는 계획을 밝혔다.
2005.06.10
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