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시스템 생명공학 활용, 최고 수율의 아미노산 생산 균주 개발
- 세계 아미노산 시장, 화이트 바이오텍 제품 생산에 파급 효과 큰 원천 기술 - KAIST 이상엽 교수팀 개발, 미국 국립과학원회보 온라인판 게재KAIST(총장 서남표) 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 43세, 특훈교수/LG화학 석좌교수) 교수팀은 시스템 생명공학 기법을 이용, 세계 최고 수율(收率)의 발린(L-valine) 생산 균주 개발에 성공했다. 이 연구 결과는 4월 넷째주(23일-27일사이) 미국 국립과학원회보(PNAS, Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA)에 게재된다. 李 교수팀은 필수 아미노산의 하나인 발린(L-valine)을 타켓 물질로 선정, 미생물 가상세포 시스템과 시뮬레이션 기법을 활용하여 최고 수율의 아미노산 생산 균주를 개발했다. 대장균 게놈에서 필요한 부위만을 선택적으로 조작하여 초기 생산 균주를 제작하고, DNA 칩을 이용한 전사체(transcriptome) 분석을 통해 새롭게 조작할 1차 타겟 유전자들을 발굴했다. 대장균 가상 세포인 MBEL979를 이용, 유전자 결실(缺失) 실험을 컴퓨터상에서 대량으로 수행한 뒤 2차 엔지니어링 타겟들을 발굴했다. 이 실험 결과를 실제 균주 개발에 적용, 세포내 대사흐름 최적화를 달성하여 최종적으로 100 그램의 포도당으로부터 37.8 그램의 발린을 추출할 수 있는 세계 최고 수율의 발린 생산균주 제작에 성공했다. 이상엽 교수는 “시스템 생명공학 기법이 체계적인 시스템 수준에서 균주개발에 성공적으로 이용됨에 따라, 기타 아미노산을 비롯하여 모든 생물공학산업 발전에 크게 기여할 것으로 기대된다. 초기에는 IT와 BT를 융합함에 있어 어려움이 많았으나 이를 슬기롭게 극복한 연구팀원들이 자랑스럽다.”고 말했다. 연구 관련 생산균주와 그 제조 방법은 국제특허(PCT)를 출원했다.
2007.04.24
조회수 19881
KAIST, 첫 특훈교수 3명 임명
- 세계적 수준의 연구업적과 교육성과 이룬 교수 대상 선발- 특별인센티브 지급, 정년 이후에도 비전임직으로 계속 임용KAIST(총장 서남표)가 KAIST 최고의 영예를 갖게 되는 특훈교수 3명을 처음으로 임명했다. 전자전산학과 김충기(金忠基, 64) 교수, 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 42) 교수, 물리학과 장기주(張基柱, 53) 교수 등 3명이 그 주인공이다. 김충기 교수는 멀티미디어 시대의 핵심기술이며 영상센서로 가장 많이 활용되고 있는 CCD 영상 소자를 세계 최초로 개발하고 실용화했으며, 이에 대한 공로를 인정받아 IEEE 펠로우로 선임되었다. 국내 반도체 분야 연구와 인재 양성에 주력하여 한국이 반도체 분야에서 세계 강국이 되는 데 큰 기여를 했다. 또한 삼성전자, 하이닉스 반도체 등 산업체와의 특별교육프로그램을 유치하여 산학 협력을 통한 교육과 연구에 기여했다. 최근에는 영재교육, 문화기술(CT)대학원의 다학제간 교육, 학부 학생들의 실험 교육에 적극적으로 참여하는 등 학교발전을 위한 열성적인 활동으로 학생들과 젊은 교수들의 존경을 한몸에 받고 있다. 지난 1995년부터 3년간 부총장을 역임하면서 KAIST 발전에도 크게 기여한 바 있다. 호암상(1993), 국민훈장 모란장(1997) 등을 수상했다. 이상엽 교수는 대사공학 분야에 탁월한 업적을 이룩했다. 지난 2004년에는 세계최초로 박테리아의 게놈 서열을 밝혀 이를 대사공학기술에 적용한 논문을 네이처 바이오테크놀러지에 발표했다. 또한 대장균 단백체의 바이블 논문으로 평가되는 장편의 논문을 70년 전통의 미국 미생물분자생물학리뷰지에 게재했다. 187편의 국외논문, 203건의 특허 출원, 젊은 과학자상, 국내외 초청 강연 212회 등의 학술연구실적을 쌓았다. 장기주 교수는 고체물리이론 분야에서 200편의 SCI급 논문을 발표했다. 주요 연구 분야인 반도체 물질에 대한 연구로 국제적 인정을 받아 리뷰 아티클, 교과서, 학술대회 등에서 여러 이론모델을 발표했다. 특히 10여년 이상 미해결 상태에 있던 갈륨아스나이드(GaAs) 반도체에서 DX 결함의 정체를 최초로 규명, 현재 500회 이상 인용되고 있으며, 100회 이상 인용된 논문도 15편이 넘는다. 지난 2005년 국가석학과학자로 선정된 張 교수는 SCI 피인용 횟수가 4,847회로 우리나라 과학계 전체에서 3위를 기록하고 있다. KAIST 특훈교수(Distinguished Professor)는 세계적 수준의 연구업적과 교육성과를 이룬 교수 중에서 선발한다. KAIST 최고의 명예로운 직이며, 특별인센티브도 지급된다. 특훈교수는 총장, 부총장, 단과대학장, 학과장의 추천을 받고 국내외 전문가의 평가를 거쳐 임명하며, 정년 이후에도 비전임직으로 계속 임용할 수 있다. KAIST는 특훈교수제 등의 새로운 제도를 적극 활용, 발전 가능성이 높은 연구분야의 우수 교수를 집중 유치하여 세계 최고급의 교수진을 구축한다는 계획이다.
2007.03.15
조회수 20731
IECA2006 국제학술대회 한국 개최
시스템 생물학 분야 세계적 전문가들 한국 총 집결 오는 10월 31일 부터 4일간, 제주 국제컨벤션센터에서 세계적 석학 47명 강연, 관련학자 16개국 2백여명 참여 한국의 시스템 생물학분야 연구역량 국제적 인정 KAIST(총장 서남표)가 주최하고 KAIST 시스템생물학연구팀, 아시아과학인재포럼, BK21 화학공학사업단, 미생물프론티어사업단에서 주관하는 제3회 IECA2006((International E. Coli Alliance, 국제대장균연대모임 시스템 생물학 국제 학술대회 /대회 의장 이상엽 KAIST 생명화학공학과 교수)가 오는 10월 31일부터 11월 3일까지 4일동안 제주 국제컨벤션센터에서 개최된다. 이번 대회에는 대장균의 시스템 생물학 및 가상세포 시스템, 분자생물학, 생물정보학 등 다양한 학문분야의 세계적 석학 47명(국외 38명, 국내 9명)이 강연할 예정이며, 16개국의 저명 석학 2백여명이 참여할 예정이다. 참여예정인 주요 외국연사로는 재조합 대장균에의한 바이오에탄올의 창시자인 플로리다주립대학의 인그램(L. Ingram) 교수, 컴퓨터 대사시뮬레이션의 대가인 캘리포니아 샌디에고 대학의 팔슨(B. Palsson) 교수, 대장균 게놈을 밝힌 위스콘신대학의 블레트너(F. Blattner) 교수, 일본 E-Cell팀의 총책임자인 도미타(M. Tomita) 교수, 빌 게이츠로부터 지원받아 항말라리아 약품 연구를 선도하고 있는 캘리포니아 버클리대학의 키슬링(J. Keasling) 교수, 시스템 생물학의 창시자인 SONY의 기타노(H. Kitano) 박사, Silicon Cell을 개발한 네덜란드의 웨스터오프(H. Westerhoff) 교수, 미국 NCBI에서 게놈연구를 선도하는 갈페린(M. Galperin) 박사, EcoCyc, MetaCyc 등 세계 최고의 대사 데이터베이스를 개발한 카프(P. Karp) 박사, 대장균의 진화와 유전학 전문가인 미국의 렌스키(R. Lenski) 교수, 대장균 4천3백개의 개개의 유전자가 결손된 돌연변이 대장균을 만들어 연구하는 일본의 모리(H. Mori) 교수, 독일 시스템 생물학을 책임지는 스튜트가르트대학의 리우스(M. Reuss) 교수, 일본 생물정보학회장 미야노(S. Miyano) 교수, 호주 생물정보학연구센터장 레이건(M. Ragan) 교수, 전세계 대장균 네트워크를 주도하는 미국 퍼듀대학의 워너(B. Wanner) 교수, 재조합 단백질의 생산과 관련 기술의 세계적 권위자인 텍사스주립대학 조지우(G. Georgiou) 교수, 유럽 생명공학의 리더인 퓰러(A. Puehler) 교수, 호주 AIBN 대사공학 전문가인 닐슨(L. Nielsen) 교수 등 세계 최고의 석학들이 모두 한자리에 모인다. 그 외에도 실제 생명공학 산업화에 관련하여 연구를 주도하고 있는 세계적 화학기업인 미국 듀퐁사, 가상세포 상용화를 주도하는 미국 제노마티카사, 대사공학 기업인 프랑스의 메타볼릭익스플로러사 등에서의 산업화 사례도 발표된다. 국내 주요연사로는 게놈엔지니어링의 대가인 KAIST 생명과학과 김선창 교수, 동적모사 분야 서강대 이진원 교수, 미생물생리 분야 한국생명공학연구원 반재구 박사, 신규 대장균의 게놈 분야 김지현 박사, 대장균 전사조절 분야 권오석 박사, 효모의 시스템생물학 분야 강현아 박사 등이다. 이번 학술대회 의장인 이상엽 교수는 이번 학술대회에서 과학기술부 시스템생물학 연구개발 사업의 주요결과를 공개한다. 이번 학술대회는 미생물 연구의 정점에 서있는 대장균 연구에 관한 모든 분야를 대상으로 한다. 대장균에서 일어나는 세포의 생리학적 현상들에 대한 규명 및 발견은 물론, 인실리코(in silico) 네트워크 모델을 통한 산업적?경제적 균주 개발이나 omics 기술 개발 및 응용 등의 시스템 생물학 측면을 다루게 된다. 이렇게 광범위한 부분을 다룸으로써 기초 연구와 산업적 응용 사이를 연결하는 다리 역할을 하는 것이 이번 학회의 주목적이다. 또한 대장균 연구에 대한 국제적 연구동향 및 주요 내용을 공유하고, 공통 기반의 연구 하드웨어 및 소프트웨어를 구축하며, 다른 생명공학 연구로의 응용에 발판이 될 수 있는 거대한 대장균 데이터베이스를 만드는 것을 목적으로 하고 있다. 기존의 IECA학회와는 달리 이번 IECA2006에서는 학계와 연구계의 순수 및 응용연구 발표 뿐만 아니라 산업체에서 시스템생명공학의 활용에 관한 실례들과 산업화에 적용되는 시스템생물학 사례들도 발표된다. 여종기 전 LG화학 CTO, 윤재승 대웅제약 부회장, 정광섭 GS칼텍스 연구소장, 박진환 네오위즈 사장, 이진 메디제네스 사장, 유진녕 LG화학기술연구원장, 서정선 마크로젠 회장, 이병훈 유니베라 사장 등 산업계 자문단은 앞으로 시스템생물학이 의약에서 화학제품에 이르는 모든 생명공학의 중심에 설 것임을 예상, 이번 국제학회를 적극적으로 지원하고 있다. 이번 학술대회 의장이며, 실질적인 대회 주관자인 KAIST 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 42, LG화학 석좌교수, 생물정보연구센터 소장) 교수는 “최근 전 세계적으로 많은 관심을 가지고 연구하고 있는 시스템생물학과 관련하여 세계적인 석학들이 대거 참석할 예정이다. 이번 학술대회가 많은 관심 속에 한국에서 치러지게 된 것은 그만큼 한국의 시스템 생물학의 역량이 국제적으로 인정받고 있음을 의미한다. 이번 대회를 성공적으로 마무리하여, 해외 선진국의 시스템생물학 관련 최신기술 및 동향을 습득하고, 국제적인 석학들과 한국 과학자들 간의 유기적인 교류와 협력을 유도하여 한국 시스템생물학 및 생명공학 발전에 큰 기여를 했으면 한다.”라고 소감을 밝혔다. 이번 학회의 실무운영을 돕고 있는 KAIST 생명화학공학과 최종현 연구교수는 “이번 대장균 시스템 생물학 국제학술대회에 큰 관심들을 보여 원래 제한하고자 했던 등록자수 150명을 넘어 170여명이 등록한 상태다. 조직위원회에서는 세계적인 학술행사에 우리나라 학자들이 좀더 참석할 수 있도록 20-30여명의 추가 참석자를 받기로 결정했다. 우리나라가 시스템 생물학 관련 글로벌 네트워크의 중심에 설 수 있는 좋은 기회라고 생각한다.”라고 말했다. 최근 인체를 비롯한 다양한 생물에 대한 유전자 지도가 완성되고, 유전체, 전사체, 단백체등의 새로운 분석기술이 등장함에 따라, 이를 이용한 다양한 생물학적 지식을 총체적으로 찾고자 많은 학자들이 노력하고 있다. 이를 위해 생물학, 수학, 전산학, 화학공학이 융합되어 생명현상을 시스템수준에서 이해하고자하는 시스템생물학이 현재 생명공학의 중심에 자리잡고 있다. 시스템 생물학 혹은 시스템 생물공학적 기법을 이용하여 살아 있는 세포의 포괄적인 이해를 위해 이와 관련된 중요 연구그룹의 일부 과학자들은 연구에 있어서 효율을 최대화하면서 필수적인 정보의 공유를 위하여 전 세계 전문가들의 연대 필요성에 동의하기에 이르렀고 이러한 목표를 달성하기 위해 IECA가 조직되었다. IECA는 앞으로 대장균의 유전체, 전사체, 단백체 등의 연구 내용을 상호 교류 및 공유하고 이러한 데이터들을 바탕으로 거의 실제 대장균과 동일한 in silico 모델을 개발할 것을 목적으로 두고 있다. 대장균에 대해 완벽한 가상 모델을 구성하면, 이후 보다 복잡한 고등 생물 더 나아가 인체에 대한 가상 모델을 구성하는데 많은 기여를 할 것으로 생각되며, 이러한 가상 세포를 이용하여 지금보다 더 다양한 유용물질을 생산하는데 도움이 될 것이다. IECA는 제1회 대회를 지난 2003년 일본의 게이오대학에서, 제2회 대회를 2004년 캐나다 알버타 대학의 협조로 밴프센터에서 성공적으로 개최한 바 있으며, 국제학회를 통해 전 세계의 우수한 석학들과 정보를 공유하면서 생명 자체를 이해하려는 노력을 더욱 견고히 하고 있다. IECA의 중요성은 네이처 자매지인 몰리큘러 시스템스 바이올로지(Molecular Systems Biology) 저널 2005년 3월호에 소개되기도 했다. 이번 2006년 학술대회에서는 KAIST 이상엽 교수가 그간 과학기술부 지원 시스템생물학 연구개발 사업의 결실로 내놓은 미생물 시스템 생명공학과 관련된 높은 학문적 업적을 인정받아 의장으로 추대되었다.
2006.07.28
조회수 17984
이상엽 교수팀, 美 미생물 분자생물학 리뷰지 논문 게재
대장균 단백체 연구, 국내 연구진이 총정리 과학기술부 시스템생물학 연구개발 사업 결실 생명화학공학과 이상엽 LG화학 석좌교수(李相燁, 42세)와 그의 제자인 한미정(韓美正, 31세)박사(현재 미국 위스타 연구소 및 펜실베니아대학 소속 연구원)의 대장균 단백체 논문이 『대장균 단백체 : 과거, 현재, 미래전망(The Escherichia coli Proteome: Past, Present, and Future Prospects)』이라는 제목으로 한국에서는 처음으로 미국 미생물 분자생물학리뷰(MMBR, Microbiology and Molecular Biology Reviews)誌 6월호에 게재됐다고 밝혔다. MMBR은 미국미생물학회(American Society for Microbiology)에서 발행하는 70년 전통의 리뷰학술지로서 미생물학 및 미생물 유전학, 분자생물학 등에 관한 바이블과 같은 잡지다. 연간 4회 발행되며 한해 평균 30편 정도의 논문만이 게재된다. 미생물분야 학술지 중에서 영향지수(impact factor)가 17이상으로 가장 높다. 분야 최고의 전문가들의 리뷰논문들이 실리며, 게재되는 논문들의 영향력도 매우 큰 것으로 알려졌다. 이번 논문에서는 지난 1975년도부터 시작된 단백체 기술 발전사, 대장균 단백체에 이용되고 있는 방대한 기술, 현재 대장균 단백체의 연구현황 및 향후 연구방향 등을 총정리했다. 총 335개의 핵심 참고문헌 내용을 포함한 78페이지 분량의 논문으로서 앞으로 대장균 단백체연구의 핵심 참고자료로 활용될 것으로 기대되고 있다. 단백체 기술은 시대 순으로 세부분으로 나눠 자세히 언급했다: (1)이차원 전기영동 젤을 이용한 방법(gel based approaches), (2)비전기영동 젤을 이용한 방법(non-gel based approaches) 및 (3)컴퓨터를 이용한 방법(predictive proteomics). 이러한 방법들을 통해 현재까지 밝혀진 1,627 단백질(~38% of 대장균 게놈의 4,237 유전자)에 대한 단백질 정보가 제공되었으며, 대장균 단백체 실험을 위한 최적의 전략 및 방법을 아주 상세히 언급했다. 또한 대장균 단백체의 연구 현황에서는 학문적, 산업적 측면으로 나눠서 그 중요성을 부각시켰다. 학문적으로는 대장균 단백체의 외부 환경요소의 자극(온도, pH, 산소, 영양부족 등)에 따른 세포내의 반응 및 그 유전자의 조절 메카니즘에 대한 정보가 제공되었으며, 산업적으로는 대장균 단백체 정보를 바탕으로 하여 대사공학 및 맞춤형 유전자 조작을 통한 유용 단백질의 생산성 증대 및 개선에 응용한 성공사례를 자세히 언급했다. 마지막으로 단백체 기술의 한계점을 제시함과 동시에 향후 연구방향도 제시했다. 특히, 심사과정에서 이 논문을 접한 외국 전문가들은 이 논문을 표준(standard)으로 하여 인터넷상에서 대장균 단백체 정보를 총 정리한 웹사이트 운영을 요청해 왔으며, 현재 李 교수팀은 관련 웹사이트를 준비 중에 있다. 韓 박사는 “본 논문은 대장균 단백체의 바이블로서 방대한 자료를 체계적으로 깊이있게 잘 정리했기 때문에 단백체 연구를 처음 시작하는 분들께 많은 도움이 될 것으로 본다”며, “우리나라의 단백체 연구는 세계적 수준이라는 점을 강조하고 싶다.”고 밝혔다. 李 교수는 “우리나라는 미생물 단백체 분야에서 경쟁력이 있을 뿐 아니라, 동식물 대상 단백체 연구도 한국프로테옴기구 등의 왕성한 활동등에서 볼 수 있듯이 국제적으로도 아주 우수한 수준이다. 앞으로 단백체연구를 기반으로 우리나라 생명공학 분야의 학술적 산업적 성과들이 쏟아져 나올 것으로 믿는다.” 라고 말했다. ■ 용어 설명 1) 단백체(proteome): 생명체의 전체 유전자, 즉 유전체(genome)에 의해 발현되는 모든 단백질들의 총합을 말한다. 어떤 단백질이, 얼마의 양으로, 어떤 환경에서 발현되는 가를 파악하는 것을 목적으로 한다. 생명체의 genome이 모든 세포에서 동일한 형태로 존재하며, 생명체가 수행하는 기능의 이론적인 면만을 제시할 수 있음에 반해, 단백체는 세포가 처해 있는 환경에 따라, 그리고 고등 생명체의 경우에는 각 조직 별로 유동적으로 존재하며, 세포의 실제적인 기능을 표현해 준다. 이러한 이유로 급속도로 밝혀지고 있는 미지의 유전자들의 기능을 밝혀 내고자 하는 functional genomics의 한 부분으로 새롭게 부각되고 있고, 세포 내에서 일어나는 실제적인 현상들을 전체 단백질 단계에서 통합적으로 파악하는 수단을 제공한다. 2) 전기영동(electrophoresis): 전기장의 영향을 받아 하전된 물질이 유동성 매체내에서 이동하는 것을 말한다. 특히 단백질 분리용으로 사용되고 있는 이차원 전기영동법(two-dimensional gel electrophoresis)은 먼저 전하량에 따라 단백질을 분리한 후 아크릴 아마이드 젤상에서 단백질 크기에 따라 분리하는 법이다. 3) 게놈: 생물체를 구성하고 기능을 발휘하게 하는 모든 유전정보를 보유한 유전자의 집합체로서, 부모로부터 자손에 전해지는 유전물질의 단위체를 뜻하기도 한다. 이때 게놈에서 유전정보는 DNA라는 분자구조로 존재하며 4가지 화학적 암호인 A·G·T·C 등의 염기서열로 표기되어 있다. 4) 대사공학: 유전자 재조합 기술과 관련 분자생물학 및 화학공학적 기술을 이용하여 새로운 대사회로를 도입하거나 기존의 대사회로를 증폭/제거/변형시켜 세포나 균주의 대사특성을 우리가 원하는 방향으로 바꾸는(directed modification) 일련의 기술을 말한다. ■ 이상엽 교수 프로필 이상엽 교수는 1986년 서울대학교 화학공학과를 졸업하고, 1991년 미국 노스웨스턴대학교 화학공학과에서 석박사를 마쳤다. KAIST에서 약 12년 동안 대사공학에 관한 연구를 집중적으로 수행하여 그간 국내외 학술지논문 208편, proceedings논문 144편, 국내외 학술대회에서 748편의 논문을 발표하였고, 기조연설이나 초청 강연을 200여회 한 바 있으며, Metabolic Engineering(Marcel Dekker 사 발간) 등 다수의 저서가 있다. 그간 202건의 특허를 국내외에 등록 혹은 출원하였는데, 미국 엘머 게이든상과 특허청의 세종대왕상을 받는 등 기술의 우수성이 입증된 바 있다. 생분해성고분자, 광학적으로 순수한 정밀화학물질, DNA chip, Protein chip 등의 기술 개발에서 탁월한 연구 업적을 쌓았고, 최근에는 소위 omics와 정량적 시스템 분석기술을 통합하여 생명체 및 세포를 연구하는 시스템 생명공학분야 연구와 게놈정보 이용 생물공정기술 개발에 매진하고 있다. 李 교수는 그간 제 1회 젊은 과학자상(대통령, 1998), 미국화학회에서 엘머 게이든(Elmer Gaden)상(2000), 싸이테이션 클래식 어워드(미국 ISI, 2000), 대한민국 특허기술 대상(2001), 닮고 싶고 되고 싶은 과학기술인(2003), KAIST 연구대상(2004), 한국공학한림원 젊은 공학인상(2005) 등을 수상하였고, 2002년에는 세계경제포럼으로부터 아시아 차세대 리더로 선정되어 활동 중이다.
2006.06.12
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이상엽교수, 호주 퀸스랜드대 명예교수 추대
KAIST(총장직무대행 : 劉進)는 생명화학공학과 이상엽(李相燁, 40, LG화학 석좌교수)가 최근 호주 퀸스랜드대학교(University of Queensland) 및 호주생명공학-나노기술연구소의 명예교수(Honorary Professor)에 추대되었다고 밝혔다. 퀸스랜드대학과 연구소측은 李 교수의 시스템생명공학 관련 연구업적을 높이 평가, 임기 3년의 명예교수로 추대했다고 알려 왔다. 앞으로 李 교수는 시스템생물학 및 나노바이오기술분야에 대한 자문을 하게 되며, 대학과 연구소 보유의 연구시설을 사용할 수 있게 된다. 최근 캐나다 반프에서 열린 국제대장균통합학회(IECA 2004)에서 “시스템생명공학적 접근에 의한 대장균이용 유용물질 생산”에 관한 초청강연을 하고 돌아온 李 교수는 “고가의 기자재를 보유한 퀸스랜드대학의 우수한 연구진과의 협력연구를 통해 시스템생명공학 분야에서 좋은 연구실적을 낼 수 있게 되었다”고 밝혔다. 한편, 1909년에 설립된 퀸스랜드대학은 호주 최고대학그룹(Group of Eight) 멤버로서 상위 3위안에 드는 연구중심대학이다. 생물과학, 나노기술 및 신경과학 분야가 주요 교육/연구분야이며, 교수 1,963명에 학생수는 3만4천명이다.
2004.07.06
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